5月17日夜蔡元培到了上海。18日上午他与来访的蒋梦麟、黄炎培、沈恩孚等人面议良久，具体的商谈内容没有直接资料，但此后，蔡元培的态度显然有所松动。
这可由他20日复北洋当局电报为证：“奉大总统指令慰留，不胜愧悚……政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往”，那么“元培亦何敢不勉任维持，共图补救”。
电文表明，蔡元培实际上是“有条件的”接受了当局的“慰留”，愿意回校“维持、补救”。
数日后黄炎培、蒋梦麟致胡适信亦可作旁证：“回校复职事，孑公已允。此事若不另生枝节，大学可望回复原状。”
但世事难料，枝节还偏偏就是生出来了。蔡元培于5月21日到达杭州，很快就洞悉北洋当局“留他是假，去他是真”，故他于26日复电当局：“卧病故乡，未能北上”，这就意味着拒绝了当局的“慰留”。
6月6日，北洋当局也终于失去了耐心，撕下了虚情“留蔡”的面具，发布大总统令宣布由“胡仁源署北京大学校长”。
此令发出，师生的怒火再次喷发，社会各界的反应也愈加强烈，整个运动呈现出激烈的对抗状态。与此同时，各界劝蔡“回职”的函电也纷纷发到蔡元培手里，许多机构和团体先后派代表到杭州面陈“挽蔡”诚意。
在运动不断升级、“挽蔡”呼声不断高涨的情况下，蔡元培出于激愤于15日撰《不愿再任北京大学校长的宣言》，向各界宣示拒绝复职的理由：“我绝对不能再做那政府任命的校长”，因为那是“半官僚的性质”；“我绝对不能再做不自由的大学校长”，因为“思想自由，是世界各国大学的通例”；“我绝对不能再到北京的学校任校长”，因为“北京是个臭虫窠”。
内容上看，《宣言》无异于一篇檄文，表明了蔡元培对北洋政府决绝的态度，似乎也表明了他不回北大的决心。
这份宣言由于言辞激烈，被其弟蔡元康压下未能发表。
蔡元康随后以自己的名义在《申报》刊出启事，称：家兄患病，遵医嘱屏绝外缘，俾得静养云云。
这样，就为蔡元培争取到了些许相对宁静的“世外”生活的时间。
在这段时间里，蔡元培终于实现了他很长时间以来的宿愿，出版李慈铭《越缦堂日记》。
李慈铭（1830年～1894年），初名模，字式侯，后改今名，字爱伯，号莼客，室名越缦堂，晚年自署“越缦老人”。会稽（今浙江绍兴）西郭霞川村人