制，使之不能因那一个校长的去留而影响学校的正常运转。当年11月，他主持制定《国立北京大学内部组织试行章程》，提高教授在学校管理中的权重，进一步突出“教授治校”。提出组织行政会议和各专门委员会，负责日常校务。
进校不久的蒋梦麟受命通盘规划，具体实施。这位美国哥伦比亚大学毕业的教育学博士负责组设总务、教务两个职能部门，并聘请各系教授充任财政等专门委员会，使北大的
“教授治校”越发完善。
此后，蒋梦麟作为学校的总务长，成为蔡元培在北大最为倚重的助手，每次他离校，都是蒋主持校政。
1923年6月，蔡元培向北京国立八校教职员联席会提议：由八校教授会公推一个董事会，“负经营八校之全责”，而各校校长则“先由各本校教授会公推，再由董事聘请，不复受政府任命，以保独立之尊严，而免受政治之影响”。这个提议的核心，是由公推的董事会代替政府来行使管理大学之“全责”。用心不可谓不良苦，但由于历史条件的限制，他的这个提议胎死腹中。
其二是继续加强学生自治。蔡元培充分赞扬学生在运动中表现出来的“自治能力”、“自动精神”及其“自信”，因此在五四之后，他愈加注重学生的自治。11月他支持学生会通过了《北京大学学生会章程》，认可学生会有更大的自治权力。同时，他以更大的力度鼓励和扶持学生的各种社团，如对马克思学说研究会、社会主义研究会等，蔡元培都尽最大努力予以包容和扶持。
他对学生会创办的平民夜校倾力犹多，原因也与五四运动直接有关。这场运动由最初的学生运动发展成为全国性的民众运动，蔡元培看到了民众的力量，也认识到民众教育的重要性。他倾力扶持平民夜校，实乃既把它当作学生自治的重要组织，又当作教育和唤醒民众的重要途径。
在此期间，蔡元培做了一件更惊世骇俗的事是，在北大实行男女同校。
1919年5月19日，20岁的邓春兰给北大校长蔡元培写了一封《春兰上蔡校长书》，主张女性应与男性享有同等的受教育权，要求北大率先接收女学生，实行男女同班。
她在这封信中写道：“今阅贵校日刊，知先生在贫儿院演说，主张男女平等。我辈欲要求于国立大学增女生席，不于此时更待何时？春兰愿为全国女子开一先例，如蒙允准，即负笈来京，联络同志，正式呈请。”
在“女子无才便是德”的年代，邓春兰有这样的见识，得益于