杜威与“五四”的深层互动最终还是在文化方面。与当时众多中国文化人与儒家传统激烈对立，高喊“打倒孔家店”不同，杜威对中国传统文化进行理性地批判。他通过不同的角度不厌其烦地告诉中国人，现代文明的精髓在于精神文化。他还毫不客气地指出了传统中国文化的痼疾所在，为中国人表现出来的对国家问题的冷漠而震惊。
在上海时，他问一个中国人对日本占领“满洲”的看法，后者神色自若地答道：“哦，那是满洲人的事儿。”
他有一天从清华大学回到住处，看到一个行人被马车撞翻在街道上，受伤很重，但行人却不予理睬，最后还是一群外国人把伤者送到医院。这件事使杜威觉得中国人的冷漠是否属于一个民族心理习惯的问题，后来他判定问题在于中国人的保守，在于他们对自然、对土地的依赖超出了对国家的关心。
1919年8月他和胡适等人到山西，在《学问的新问题》的讲演中说：人们必须要把握时代的变化，用科学的态度和方法去解剖不合时宜的传统文化，看清文明的真义。为了使中国人更好地认识到自己的保守习惯，使新文化运动履行自己的使命，杜威还分析了中国保守主义的思想根源。他在《中国人的生活哲学》一文指出，保守是促使中国国力羸弱的主要原因。而其缘起，则要追溯到老子与孔子哲学。他对孔子等中国传统文化中的儒家和道家抱温和的态度，甚至在很大程度上他接近于道家的处世哲学。
1919年10月19日晚，教育部、北京大学、尚志学会、新学会等在中山公园今雨轩为杜威举行六十岁晚餐会。
由于这年杜威的生日恰与中国农历所记孔子纪念日在同一天，蔡元培代表北京大学所做的祝词中称：“我所最先感想的，就是博士与孔子同一生日……博士的哲学，用19世纪的科学作根据，用孔德的实证哲学、达尔文的进化论、詹美士的实用主义递演而成的，我们敢认为是西洋新文明的代表。”他还说：“我觉得孔子的理想与杜威的学说很有相同的点。这就是东西文明要媒合的证据了。但媒合的方法，必先要领得西洋科学的精神，然后用它来整理中国的旧学说，才能发生一种新义。”并将两人的思想作了比较，在列举二人因材施教等相同之处的同时也指出相异道：“孔子尊王，杜威博士提倡平民主义；孔子说女难养，杜威说男女平权；孔子述而不作，杜威倡导创造。”
一年之后，1920年10月17日，北京大学举行典礼授予杜威名誉博士学位，蔡元培称杜威为“西方的孔