以“五脏本皆属阴”，五脏是一个有机的整体。心火是阴中之火，为地火，是阴中之阳，所以人体内的地（五脏）符合太极阴阳图“阴中有阳”的结构特征。
五脏是形本属阴，所以五脏阴中有阳也可认为是五脏其形质在外，而功能于内，如心主血脉、肾主水、脾主运化、肺主气、肝主津液等，这些水、血液、食糜、气、津液等物质的代谢过程均在脏器内部完成，是“阴中含阳”的格局；命门则不同，其形质（元精）在内，而功能（元气）行于外，其元气元神均至幽至微，杳然不可见，是“阳中含阴”的格局。
太极阴阳图的另一个特征是阴阳相互为用的升降运动，那么命门与五脏也应存在着阴阳相互为用的升降机理。
“五脏本皆属阴”，肾水是阴中之阴，阴中之阴为太阴，所以肾应为太阴之脏。太阴为至盛之阴，所以肾亦称为“至阴之脏”，而位于人体的下极。
命火是阳中之阳，阳中之阳为太阳，所以命门应为太阳之脏。而太阳为“至盛之阳”，所以命门应为至阳之脏，位于人体的上极才是。
命门为至阳之脏而居上，肾为至阴之脏而居下，二者位于人体的两极，成上下对立升降之势以阴阳相互为用，合乎天道。
命火之阳气与肾水之阴气是如何上下升降相互为用？首先得明确命门的部位，实际上《内经》的“命门者，目也”就是指命门的部位所在，即“睛明所夹之处，是为脑心，乃至命之处，故曰命门”。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分，两睛明目系所夹之处正是脑髓的中心，脑髓的中心是间脑，所以人们所指的脑心就是间脑。
人类胚胎早期，脑心的侧壁外突，形成视目系，即《内经》的目睛命门与脑心在发生学上就有着渊源关系。目是脑心的门户，脑心是《内经》的命门所藏纳的先天之精，是生命之根本。
命门通过目系与脑心相联通，二者是生命之门与生命之室的关系，门与室是一体的，目系只是通道。生命之门就是储藏生命物质的地方，生命之室（泥丸宫）就是脑心元精元神所舍藏之处。
脑心就是位于脑髓中央形似泥丸的间脑，间脑主宰着五脏六腑的生理活动，体现着元神的作用，是人体最重要、最核心的生命中枢，去掉大脑皮层生命尚可存在（植物状态），去掉脑心生命不复存在。
脑心是人体最至关重要的生命物质，它就是目睛命门所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命门因藏有脑心这个先天之精而具有非常重要的