地位，所以《内经》指出目就是命门，是藏有脑心这个非常重要物质的生命之门。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分。大脑有思有虑主宰着躯体视听言行之心理活动，属于后天识神；间脑形似泥丸位于整个脑髓的中心，称之为脑心，脑心无思无虑主宰着五脏六腑内脏的生理活动，属于先天元神。
睛明所夹之处是为脑心，两睛明目系交叉像把钳子夹着脑心。脑心就是目睛命门所藏的先天之精。
间脑形似泥丸是整个脑髓的脑心。人类胚胎早期间脑的侧壁外突形成视目系（命门），目睛命门通过目系与脑心相联通，其有着发生学上的渊源关系。
足太阳之脉起于目睛命门，正应之“足太阳之脉，起于目内眦”，其必起源于脑心，这是由其发生学上的关系所决定的。
脑心元精化生的元气随起源于脑心泥丸宫生命之室的足太阳经运行通过目系出生命之门目，即所谓的:“气出于脑”“阳气出于目......循项下足太阳”，然后上额循项下入五脏六腑之俞，最后植入足少阴肾经的至**，并唯肾而络，以命门天火之阳气温煦人体内的地（五脏），这还是命门为“五脏六腑之本”和“其气与肾通”的经络学证据。
五脏六腑之精气皆上注于目睛命门，就必上属于脑心，这也是由其发生学上的渊源关系所决定的。
这就是太极阴阳图“天之阳气下降于地，地之阴气上升于天”在人体内阴阳相互为用的升降运动。
《内经》曰:“人始生，先成精，精成而脑髓生”。
人生先成之精就是先天之精，脑髓就是由先天之精而构成。但是脑髓有间脑和大脑先后天之分，大脑是间脑的自然延伸，是低级脑部位，间脑是脑髓的核心，是高级脑部位，所以“精成而脑髓生”本质上应该是“精成而脑心（间脑）生”，脑心是由先天之精凝聚而成！再合参“命门者，目也”及目与脑心在发生学上的渊源关系，所以脑心就是生命之门目所藏的先天之精！
命门藏先天之精是它最基本的功能，所以《内经》的这个命门目就是命门，它所藏的先天之精就是脑心，如同中医的心肝脾肺肾五脏系统本身就包含了解剖学上的实质器官一样，《内经》的命门也是有解剖学物质基础的，因为没有脱离物质而独立存在的功能!
《内经》曰:“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也”。结：缔结之结也，即足太阳经是缔结于命门的一条经脉；结：植物长出的果实或植物结出的果实，即足太阳是命门长出