指丞相、国尉、御史。九卿是奉常、太仆、少府、郎中令、治粟内史、典客、卫尉、廷尉、宗正。丞相是百官之首，分左右，是一官二制，互相制约。丞相的权利又要受到御史大夫的节制，丞相的军权又为国尉分割，重要官员在地位、职责和权利方面都处于互相牵制的状态，改变了以往执政大臣平时治民，战时带兵，出将入相的传统，从体制上防止了权臣专横的局面，从而使军政大权集于皇帝一人之手。
数月后，皇帝又发布了几道诏令：改称老百姓为黔首或黎民；议定统一的法律制度，以《秦律》为国家大法；规定了长度、重量、容量的标准；国家之币分为二等，黄金为上币，以镒计量，二十两黄金为一镒，铜钱为下币，每枚为半两，形状是方孔圆形，定为全国流通的钱币使用。同时废止六国刀形、布形、蚁鼻钱等各种形状的旧币。而珠玉、龟贝、银锡之属，做为器饰宝藏之用，不再作为货币流通；还统一了文字，全国通用小篆，以李斯书写的《仓颉篇》，胡毋敬的《博学篇》为标准，颁行全国，作为文字模板，同时废除了六国的文字；天下各郡县的官吏，清查各地户口。凡是世家贵胄，富户及地方名士，一律勒令迁居咸阳，以便就近监察；又将天下险要地方的关塞和大郡的城郭，堡垒全部夷平，打通了各通道。一系列的诏令都是始皇帝和他的大臣商议后颁布实行的，全国人民积极响应，国家实现了真正的统一。历史上称始皇帝为秦始皇。李斯追述秦始皇的功劳说：
追念乱世，分土建邦，以开争理。攻战日作，流血于野，自泰古始。
世无万数，施及五帝，莫能禁止。乃今皇帝，一家天下，兵不复起。
灾害灭除，黔首康定，利泽长久。