崔琰字季珪，清河东武城人也。少朴讷，好击剑，尚武事。年二十三，乡移为正，始感激，读论语、韩诗。至年二十九，乃结公孙方等就郑玄受学。学未期，徐州黄巾贼攻破北海，玄与门人到不其山避难。时谷籴县乏，玄罢谢诸生。琰既受遣，而寇盗充斥，西道不通。于是周旋青、徐、兗、豫之郊，东下寿春，南望江、湖。自去家四年乃归，以琴书自娱。
大将军袁绍闻而辟之。时士卒横暴，掘发丘陇，琰谏曰：「昔孙卿有言：'士不素教，甲兵不利，虽汤武不能以战胜。'今道路暴骨，民未见德，宜敕郡县掩骼埋胔，示憯怛之爱，追文王之仁。」绍以为骑都尉。后绍治兵黎阳，次于延津，琰复谏曰：「天子在许，民望助顺，不如守境述职，以宁区宇。」绍不听，遂败于官渡。及绍卒，二子交争，争欲得琰。琰称疾固辞，由是获罪，幽于囹圄，赖阴夔、陈琳营救得免。
太祖破袁氏，领冀州牧，辟琰为别驾从事，谓琰曰：「昨案户籍，可得三十万众，故为大州也。」琰对曰：「今天下分崩，九州幅裂，二袁兄弟亲寻干戈，冀方蒸庶暴骨原野。未闻王师仁声先路，存问风俗，救其涂炭，而校计甲兵，唯此为先，斯岂鄙州士女所望於明公哉！」太祖改容谢之。于时宾客皆伏失色。
太祖征并州，留琰傅文帝於鄴。世子仍出田猎，变易服乘，志在驱逐。琰书谏曰：「盖闻盘于游田，书之所戒，鲁隐观鱼，春秋讥之，此周、孔之格言，二经之明义。殷鉴夏后，诗称不远，子卯不乐，礼以为忌，此又近者之得失，不可不深察也。袁族富强，公子宽放，盘游滋侈，义声不闻，哲人君子，俄有色斯之志，熊罴壮士，堕於吞噬之用，固所以拥徒百万，跨有河朔，无所容足也。今邦国殄瘁，惠康未洽，士女企踵，所思者德。况公亲御戎马，上下劳惨，世子宜遵大路，慎以行正，思经国之高略，内鉴近戒，外扬远节，深惟储副，以身为宝。而猥袭虞旅之贱服，忽驰骛而陵险，志雉兔之小娱，忘社稷之为重，斯诚有识所以恻心也。唯世子燔翳捐褶，以塞众望，不令老臣获罪於天。」世子报曰：「昨奉嘉命，惠示雅数，欲使燔翳捐褶，翳已坏矣，褶亦去焉。后有此比，蒙复诲诸。」
太祖为丞相，琰复为东西曹掾属徵事。初授东曹时，教曰：「君有伯夷之风，史鱼之直，贪夫慕名而清，壮士尚称而厉，斯可以率时者已。故授东曹，往践厥职。」魏国初建，拜尚书。时未立太子，临菑侯植有才而爱。太祖狐疑，以函令密访於外。唯琰露板答曰：「盖闻春秋之义，立子以长，加五官将仁孝