董卓为了夺权，开始铲除反对者，手段残暴，引起了诸多不满。他促使吕布杀死掌管都城禁卫的丁原夺得军队，袁绍及曹操等原先掌握过兵权的将领纷纷逃离首都洛阳。最后董卓废黜并杀死了汉少帝，改立刘协为帝，史称汉献帝，至此董卓完全掌握了朝廷。
190年，东郡太守桥瑁诈称以京师三公之名向各地发檄文，陈述董卓的恶行，联络各地州牧、刺史及太守讨伐董卓，共有十一路地方军加入，群雄并起，共推袁绍为盟主，史称“关东军”。董卓为了回避其锋芒，于是挟持汉献帝、强迁居民，迁都到长安，并火烧旧都洛阳。其间，关东联军只有孙坚、曹操真正出兵与董卓对战，但因持久力不足而退，而关东军也随之解散。此后，群雄纷纷割据一方，互相攻击。董卓迁都后，自封为太师，继续掌控朝政。
192年董卓最后被司徒王允和部下吕布