等战场都清理得差不多的时候。商毅又接了另一个消息，在战场上逃走的三艘西班牙战舰，还有后面西班牙军的六艘运需船，在返航的路上，遭到了迂回到西班牙军后方的商家军海军第二分舰队的攻击，被击沉四艘，俘虏二艘，最终只有三艘船逃走。也为这一场海战，划上了一个完整的句号。
而这三艘逃走的船在台湾东南沿海时，又遭到荷兰船队的拦截，最后只剩下一艘船逃回到马尼拉，向菲律宾总督科奎拉报告。
这时太阳终于完全消失在西方的天际，黑夜降临在大海上。商毅也下令，全体战船返航，回到基隆港去休息。
这一战商家军一共出动了七十一艘战船，在主要战场投入四十七艘，其中主力战舰二十五艘，共计士兵三千二百多人。西班牙军出动了二十四艘战船，在主要战场投入十八艘，士兵一千五百余人。
结果是商家军取得了全面胜利，击沉击毁对手十四艘战船，俘虏七艘，其中包括西班牙军的旗舰圣路易号，打死西班牙士兵一千二百余人，活捉六百余人。并且缴获各类火炮三百余门，火枪一千余枝，其中有三百多枝是燧发枪，战马三十四匹，其他粮食物资若干。
而商家军自身，被西班牙军击沉战船八艘，包括六艘辅助战舰和一艘巡洋舰、一艘护卫舰。其中第一分舰队的损失最大，有五艘辅助战舰和一艘护卫舰。另外还有九艘战船受伤，又是第一分舰队占了其中的七艘。同时还战死士兵水手三百七十二人，另有三百一十五人受伤。
因此经过了一夜的休息之后，第二天商家军也在基隆举行了盛大的庆典，以庆贺商家军的海军第一次出战，就取得了重大的胜绩。由其是第一分舰队，虽然损失很大，但却是担负着最艰难的任务，而旦成功的打乱了西班牙军的阵形，为后面取得胜利，打下了一个良好的基础，因此商毅也重点表彰第一分舰队的全体官兵。
虽然从结果上来看，商家军确实取得胜利，而且还考虑到这是商家军海军成军以来的第一战，也就更是难能可贵了。不过商毅也没有为这一场胜利就忘乎得己，认为商家军的海军从此就纵横海上，所行无敌了，因为从双方的实力对比上看，商家军在各方面几乎都占据了压倒性的优势，因此取得这样的胜利并不算什么，甚致可以说，西班牙军是虽败犹荣。而且从战斗的过程来看，商家军也出现了许多失误的地方，需要改进总结提高的地方，还有许多。
其中又有两个问题最为突出，一个就是海军依然整体缺乏实战经验，一但遇到不利的环