境，或是战前没有布置到的情况，旗舰又无发下达明确命令，需要官兵们用自己的判断来决定下一步的行动时候，就会自乱阵脚。同时在海军內部，士兵的素质差别也比较大，相比之下，主力战舰的士兵水手的素质，明显要强于辅助战船。另外就是士兵对［海军条例］的执行，也不彻底，在忙乱的时候，往往就会忘了［海军条例］的要求。
这确实是一个在短时间内难以解决的问题，毕竟作战经验不是一天两天就能完成的，只能通过平时的严格训练来尽力弥补。
而另一个则是战船的问题，这一次战斗也再次证明，老式的福船，和西式的风帆战船根本就不是一个等级的较量，并不适合作为战舰，那怕是当辅助战舰来用，也颇有些力不从心。相比之下，改良之后的福船，表现就明显要好得多，因此以后新造的福船，也将全以改良之后的船型为模式。同时舰队的规模暂时不要扩大，等逐渐用新船取代了老船之后再说。
但解决这个问题同样也需要时间，在新船尚未造出之前，也只能先用老船撑一阵子，不过在以后的战斗中，也要注意各种战船的搭配，尽可能不要让老式的福船但负过多的战斗任务。
随后，商家军就在基隆港暂时休整，治疗受伤的士兵，修理战船。同时商毅也写了一封措词十分严厉的信，附上这两次战斗中俘虏的西班牙军主要军官的姓名，送往马尼拉，交给西班牙的菲律宾总督科奎拉。送信的人选商毅都己经选好了，就是上一次西班牙远征舰队的翻译，袁朴和吴雁鸣两人。
在西班牙远征舰队全军覆灭之后，袁朴和吴雁鸣在张庚秋的劝说之下，也愿意投靠商毅，但为了尽力隐瞒远征舰队覆灭的消息，商毅一直将两人留在浙江，并没有放他们回去。两人在马尼拉的生意，也由张庚秋帮忙照看，现在没有隐瞒的必要了，同时也是袁朴和吴雁鸣发挥作用的时候了，当然商毅还派了一名传教士随两人一起出发，前往马尼拉送信。
两天以后，一艘来自福建泉州的福船来到了基隆港，船上的使者向商毅带来了一封信，是甴福建总兵，安南伯郑芝龙发出的，信中的措辞到也十分客气，先夸赞了商毅一番，表示郑芝龙对商毅十分敬佩，同时也说明，郑芝龙是打算进京去朝贺天子登基，正要路过浙江，希望能够与商毅会面。
接到这封信之后，商毅也点了点头，自己终于引起了郑芝龙的注意。不过这也早就在商毅的预料之中，商家军想要向海外扩展，早晚都会和郑芝龙打交道，其实从商家军的海军成军的那一天，商毅一直就把