三天后，由户部提出的请颁行条编疏，通过了廷议，即日起颁行天下自此掀开了全国规模的清丈田亩、赋税改制的大幕。
为了包管新政顺利实施，张居正上请稽查章奏随事考成以修实政疏，同样获得了通过。自此，凡上峰交代的差事，本堂执掌的公务，都必须专人专项负责，限期完成。所做每一件事，其完成情况都要记录在册，一式三份，一本自留，一本送六科稽核，一本送内阁监督，以备检验核实这是京城的衙门。对处所官府也是如此，每个省都要立账册，同样是一式三份，所不合的是，稽核的任务交给了都察院。日后无论是中央还是处所，所有官员的升迁，奖励或免除，都凭这册档录作为依据。月有考岁有稽，全凭白纸黑字话，谁人也打不得马虎眼。
这项改草极为简单，效果却立竿见影。自推行以后，京城各大衙门一扫过去那种疲疲沓沓、魔蘑菇菇的处事作风。每接手一件事，当事官员再不敢敷衍塞责，一拖再拖，而是立即执行，毫不延误，唯恐在“考功簿，上记下秽行劣迹，断了晋升之路。
这样内阁通过六科控制住六部，通过都察院控制住各省，终于管住了散漫懈怠的天下官员，至此令行禁止、如臂使指，一举解决了困扰历朝历代两千多年的政欠亨、事难举的痼疾，为接下来一系列政令的推行，铺平了道路。
万历元年三月，户部、都察院扩编完成，然后由主座带队，分赴各省督办一条鞭法，这次的步队中，有一半是国子监结业的监生，对监生的栽培”沈默可谓是竭尽全力。
毋庸置疑”从九品中正到科举取士，从唯身世论到唯才是举，是极大的进步。尤其走到了宋明以后，随着科举取士完全成为正途，阶级的流动性大增，大官的儿子没法再是大官，平民苍生也有了鱼跃龙门的机会。
这样给了天下人才一个公平竞争、出人头地的机会，天下人才也争相报效朝廷，大大加强了王朝统治的稳固和持久，自然是极好极好的。
然而什么事都是物极必反，久则生弊。
国初用人的制度，分为三途：第一是科甲，第二是监生，第三是吏员。这是所谓“三途并用，。朝中的高级官晏大都出自前两种，后来因为监生的质量下降，进士成为正途，尤其是高级官员都走进士身世，所以科甲官员才是自己人，举人、监生身世的”备受歧视，吏员身世就更惨了。
于是吏员上进无门，自甘暴弃，举人监生也决不轻易就职。他们惟一的目标，即是考进土，考中了获得甲科身世，日后才有前途