两侧垒砌墙壁的通道，向城里运送粮食。墙壁尚未砌好，农民军过来争夺，双方相持了三天，各有伤亡。刘泽清就命令自己的队伍拔营离开，一时间明军仓皇奔逃，士兵们为了争船，很多人掉在水里淹死了。
刘泽清为人性情懦弱，怀私观望。他曾经虚报大功邀取赏赐，又假称自己从马上摔下来受了伤，朝廷奖给他医药费四十两银子。朝廷命令他赴保定剿贼，他不听从命令，每天在临清纵兵抢劫。后来他率兵南下时，所过之处都被他烧光、抢光了。在农民军声势大振的情况下，给事中韩如愈、马嘉植都谋求奉命到南方来，韩如愈曾经弹劾过刘泽清，韩如愈经过东昌时，刘泽清就派人在路上杀死了他，也没人敢把这事报告给朝廷知道。
崇祯十七年（1644年），黄闯王李自成攻破北京，朱由检上吊自尽，山海关总兵吴三桂引清兵入关。刘泽清等拥立福王朱由菘登基，被封为东平伯。
朱由菘开设四藩：兴平伯高杰镇守徐州、泗州，东平伯刘泽清防守淮安、扬州，广昌伯刘良佐镇守凤阳、寿州，而黄得功晋为侯爵，镇守滁州、和州。他们的家属都在内地安置。
当时四镇各自占据着自己的防区，财政收入不上交，自己肆意挥霍，把领土、军事等事放在脑后一概不关心。他们和朝廷中间的大臣相互拉帮结派，干预朝政，排斥异己，他们不断地递上各种各样的奏章，把朝廷中的纪纲破坏完了，其中泽刘清所提出的主张最为狂妄、谬误。
朱由菘刚刚登基时，他请求就在今年五月改元，又请求赦免、放还原任辅臣周延儒被抄作军饷的赃款。都御史刘宗周弹劾了武将们骄横不法的罪状，刘泽清便两次上书弹劾刘宗周，并且：说：“陛下只要肯杀掉刘宗周，我就卸职。”朝廷不得已，只好用语气温和的诏书对他加以劝慰。他又请求禁止巡按官员调查、捉拿犯人和对犯人进行追赃，请求法司严厉地通缉原任总督侯恂和他的儿子侯方域，朝廷都委曲变通地听从了他。
刘泽清开府淮安，磊治藩府，府第的规格类似王府。甲第宽敞，门馆壮观，金碧辉煌，富丽堂皇，花园曲渠，高屋深墙，剑卫林立。不仅如此，他还一贯嗜好声伎，曾经蓄养美妓宠侍四十余人。在淮安他醉生梦死，花天酒地。“日拥四方抢夺的良家妇女，无节制地喧乐。有人问他：“守御之策。”他说：“我为拥护福王而来，他应该让我享受，万一有事，吾选择江南一郡，占山为王罢了。”
顺治二年（1645年）四月，清军南下，扬州告急，南明朝廷命令泽清等人前往