，但陈友谅的进攻稍嫌鲁莽，他在南京城中了埋伏。
朱元璋夺取了陈友谅的一支完整的舰队来扩充自己的水师，而这次对陈友谅强大舰队的掠夺，使他在此后两年中基本主宰了长江中游的水域领地。
1360年，明军强大的谍报分子汇报陈友谅杀死赵普胜并打算东扩、掠夺明政权安徽南部领土的信息，那是常遇春在1357年攻克下来的池州，陈友谅打算收复它。
陈友谅计划来一次偷袭，朱元璋则令常遇春停止在他杭州炫耀武力的活动，又令徐达前往池州，与常遇春汇合。明军两位将领联合伏击了偷袭者，活捉三千俘虏，并且常遇春杀掉了大部分人，还派了几个俘虏回去给陈友谅报信。
陈友谅的性格本就暴躁易怒，俘虏的报告迅速激怒了陈友谅，他打算用手头的部队去击打明军，陈友谅动用了十万人，并且指挥舰队向下游.行驶，他和他的舰队在1360年6月抵达太平。
明将领花云拒不投降，他率领三千明军在太平奋力抵抗了三天，陈友谅失去耐性，用舰队中的大船去攻击太平城垣，最后花云被俘，但拒绝顺降，牺牲于此战中。
陈友谅得意洋洋，他预备以这种战法横扫长江水域。陈友谅将战舰停靠在采石码头，他自己称帝，政权为‘汉’，并派遣使节去见张士诚，请他从背面出兵，和自己一起前后夹击南京。
陈友谅率领舰队直航南京，朱元璋已经获悉太平失陷的消息，但他的水军与陈友谅无法较之高下，有人提议放弃南京，转而坚守南京城东的紫金山。
朱元璋决心迎战，他要诱陈友谅上岸，并引陈友谅去指定地点，打伏击战。等陈友谅的水师到了大胜关，这里港汊太窄，大船不能停靠，他又怕遇上埋伏，于是下令向长江返航。
由于当天暴雨天气，朱元璋又经过精心设计，他和冯胜的军队进攻汉军后卫，迅速赢了一仗。在南京这边战斗进行的时候，胡大海从浙江进犯江西，这个行动打开了明军在江西的战斗全景。
南京一仗之后，陈友谅因他的失败和给部队带来的损失，他在江西的地位发生了动摇。
1361年，朱元璋向长江上游进军，他将陈友谅赶出九江。但朱元璋在还没完全占领江西的时候就离开了南昌，南昌发生叛乱，朱元璋只能调回武昌的军队来镇压南昌的叛乱。
接着是明军队伍中的浙江叛乱，因为朱元璋对南昌情况的一时疏忽，陈友谅取得时间来进行重新武装，他预备接着进攻摇摇欲坠的明政权。