曾国藩只能发布告示，晓谕士民查拿凶犯，修葺教堂。与此同时，在崇厚的几番劝说下，曾氏勉强答应将天津道周家勋撤职，知府张光藻、知县刘杰二员即行革职，请旨饬交刑部治罪，以示惩儆。如此，除了崇厚，天津的领导班子被一撸到底，悉数落马。依照曾国藩的本意，张、刘二人平时公正清廉，算是良吏，如此以替罪羊的方式来向洋人示好，实在有辱斯文。再者若真正逐一问责，当时教案的最高责任者毫无疑问是崇厚，绝非道、府、县三级官员，倘秉公处置，崇厚须负主要责任，地方官吏顶多算协从之罪。然而崇厚头顶有恭亲王这层保护伞，且又肩负赴法之命，曾国藩也奈他不何，唯有哑巴吃黄连，默默生闷气。
也正因是非对错念头于心中不断交战，奏折刚一发出，曾国藩就后悔了。他对幕僚吐槽道：“崇厚驻天津近十年，调停于民教之间，人颇讥之。事变之后，崇公出示解散，有严禁聚众滋事之语，由是怨声载道”。而自己心头一软，答应处置本地官吏，语太偏徇，同人多不谓然，将来必为清议所讥。不出所料，朝中清流果然全都开始狂喷曾国藩，大恨他不能一味强硬，完全拒绝法人要求。诟詈之声大作，‘卖国贼’之徽号，也落到了曾国藩的头上。京师湖南同乡尤引为乡人之大耻，会馆中所悬曾国藩官爵匾额，本来老乡们视为与有荣焉的物件，现在也悉数被击毁。最最爱惜羽毛之人，却执行最最容易玷污清誉之事，似再没有比这更大的讽刺了。若非为了国家和大局，曾国藩真是宁可自杀，也绝对不干这脏事。
曾国藩即便后悔，也没耽误了他做正事，一边后悔一边也没忘了查问实际案情。曾国藩弄了数百名当初闹事的带头人，询问挖眼剖心有何实据？结果竟无一人能说出个一二三来。他又逐一讯问了教堂的一百五十余名中国教民，也均称习教已久，其家送至堂中豢养，并无被拐情节。曾国藩抵达天津十几天以来，也没有一遗失幼孩之家前来报案。所以曾大帅得出了结论，迷拐孩子作药的事“全系谣传”、“毫无实据”。他当即定下“但冀和局之速成，不顾情罪之当否”的处理原则，这个原则于情于理都是妥当的，可惜这跟社会舆论就大相径庭了。
查明了实情之后，曾国藩找崇厚联名上了个奏折——《查明天津教案大概情形折》，其中仔细分析了五条天津士民之所以积疑成愤的原因。教堂终日闭门不开，莫能窥则，其可疑者一；中国之民到仁慈堂治病，恒久留不出，其可疑者二；仁慈堂死尸，有洗尸封眼之事，其可疑者三；仁慈堂所以病人，虽亲属在